Segunda temporada (1994/1995)
Guia de episódios
Os episódios marcados com símbolo (‡) fazem parte do arco de Mitologia Alienígena (mytharc) da série.
1. Homenzinhos Verdes ‡
Com o Arquivo X parado, Mulder e Scully retomam os casos do FBI. Mulder decide ir a Porto Rico investigar o motivo de uma estação de comunicação ter sido reativada.
2. O Hospedeiro
Um dos tripulantes de um cargueiro russo é morto e Mulder assume o caso. Ele e Skinner se enfrentam. Scully faz uma descoberta que pode ajudar o parceiro no trabalho.
3. Sangue
Um crime sem muitas explicações ocorre na cidade de Franklin e a polícia local pede ajuda ao FBI. Durante a investigação, Mulder é atacado e descobre que a população corre perigo.
4. Insone
Mulder trabalha com Krycek no caso da morte de um médico famoso. A dupla vai atrás de um veterano do Vietnã com poderes sobrenaturais que pode estar por trás do crime.
5. Duane Barry ‡
Mulder concorda em ser o negociador e libertar os reféns durante um sequestro que envolve um ex-agente do FBI.
6. Ascensão ‡
Scully corre perigo. Mulder e Krycek correm contra o tempo para resgatar a agente antes que Duane Barry coloque o plano dele em prática.
7. 3
Mulder volta ao Arquivo X enquanto Scully ainda está desaparecida. Ele investiga o assassinato de um empresário em Los Angeles que pode estar ligado à atuação de vampiros.
8. Um Suspiro ‡
Scully é encontrada em um hospital e Mulder precisa lidar com o estado de saúde da parceira. Depois de testemunhar um crime na unidade de saúde, o agente tem uma surpresa.
9. Firewalker
Mulder e Scully investigam uma morte no Observatório de Vulcões. As fotos da hora do crime e as suspeitas de Pierce levam os agentes a desconfiar da própria equipe técnica.
10. Museu Vermelho ‡
Após o estranho desaparecimento de um jovem, Mulder e Scully decidem investigar sobre um possível culto chamado Igreja do Museu Vermelho. Scully vê o Garganta Profunda na cidade.
11. Excelsis Dei
Uma enfermeira é atacada e violentada durante o turno da noite. Mulder e Scully entrevistam a vítima, que acusa um paciente de ter envolvimento no caso.
12. Aubrey
Mulder e Scully reabrem o caso de desaparecimento de um agente do FBI, na década de 1940, depois que a detetive B.J. Morrow tem uma visão sobre a localização do corpo da vítima.
13. Irresistível
Bocks aciona Mulder e Scully para um caso de mutilação de corpos em um cemitério. Enquanto Mulder acredita em um criminoso com fetiches, Scully tem pesadelos com um demônio.
14. A Mão que Fere
Um grupo encontra um altar no meio da floresta e um adolescente é atacado. Mulder e Scully examinam o corpo e descobrem que há ligação entre um dos jovens e bruxaria.
15. Ossos Frescos
Mulder e Scully investigam a morte de dois fuzileiros. No acampamento, a dupla conversa com o chefe do grupo e descobre acontecimentos suspeitos desde a morte de um jovem haitiano.
16. Colônia ‡
Um caçador de recompensas começa a matar médicos de clínicas de aborto. Mulder e Scully tentam deter o criminoso, mas não imaginam que ele pode assumir diferentes identidades.
17. Fim de Jogo ‡
Nas mãos do caçador de recompensas, Scully é obrigada a ligar e marcar um encontro com Mulder. Skinner posiciona um atirador de elite no local. Samantha faz uma revelação ao irmão.
18. Simetria Assustadora
Uma força sobrenatural atinge a cidade de Fairfield. Mulder e Scully investigam o caso que pode estar ligado à morte de Ganesha, um elefante indiano.
19. Morte no Navio
Um navio da Marinha desaparece e apenas um jovem sobrevive. Scully fica surpresa com a aparência idosa do rapaz, mas Mulder tem uma pista sobre o que está por trás do mistério.
20. Farsa
Após conectar uma série de crimes, Mulder e Scully vão ao funeral de Glazebrook e se dão conta de que muitos moradores têm deformidades físicas. Eles decidem investigar o fenômeno.
21. Os Calusari
Mulder e Scully investigam a morte de uma criança de dois anos que foi atropelada por um trem em miniatura. Mulder suspeita do envolvimento de forças sobrenaturais no caso.
22. F. Emasculata
Dois prisioneiros fogem e o FBI convoca Mulder e Scully para resgatá-los. A dupla descobre que o caso envolve uma doença misteriosa que matou outros condenados.
23. Luz Suave
Após o desaparecimento de hóspedes de um hotel, Mulder e Scully são acionados pela ex-aluna de Scully. Os agentes logo encontram possíveis ligações entre as vítimas.
24. Nossa Cidade
Um agente federal desaparece sem deixar vestígios. Mulder e Scully visitam uma fábrica que ele ameaçou fechar e descobrem que a vítima mantinha um caso com Paula Gray.
25. Anasazi ‡
Um hacker acessa documentos secretos do governo e faz uma exigência para entregá-los a Mulder. Scully ajuda o parceiro a decodificar o material. Mulder e Skinner se enfrentam.
De Janeiro a Janeiro 