Primeira temporada (1993/1994)
Guia de episódios
Os episódios marcados com símbolo (‡) fazem parte do arco de Mitologia Alienígena (mytharc) da série.
1. Piloto ‡
A Agente Dana Scully é instruída a investigar um projeto do FBI de casos paranormais intitulado de ‘Arquivo X’, reaberto pelo Agente Fox Mulder.
2. Garganta Profunda ‡
Mulder e Scully investigam o misterioso caso de um piloto militar que desapareceu após apresentar comportamentos psicóticos estranhos.
3. Apertado
Mulder e Scully procuram por um assassino em série cujos assassinatos acontecem a cada 30 anos.
4. Condutor
Mulder quer solucionar a qualquer custo um caso que se assemelha muito com uma experiência sobrenatural que ele vivenciou quando criança.
5. O Demônio de Jersey
Mulder e Scully vão atrás de uma criatura lendária que tem vagado pelo interior de Nova Jersey pelos últimos 40 anos.
6. Sombras
Mulder e Scully investigam a morte de dois homens que supostamente foram assassinados por uma força invisível muito poderosa.
7. O Fantasma da Máquina
Durante o Halloween, Mulder e Scully investigam a morte de um empresário que foi supostamente assassinado por um computador.
8. Gelo
Mulder e Scully são enviados para investigar uma estação de pesquisa no Alaska onde um grupo de pesquisadores são mortos por um alienígena parasitário.
9. Espaço
Uma missão espacial é vítima de sabotagem e Mulder suspeita que o culpado seja um espírito alienígena que habita o corpo de um astronauta.
10. Anjo Caído ‡
O futuro do projeto ‘Arquivo X’ é prejudicado depois que Mulder descobre um acidente alienígena encoberto pelo Governo.
11. Eva
Dois homens são encontrados mortos, cada qual em seu quintal. O caso fica mais estranho quando os detetives descobrem que eles são pais de duas meninas idênticas.
12. Fogo
Mulder e Scully se juntam a um inspetor da Scotland Yard quando um homem com poderes pirotécnicos persegue membros da aristocracia britânica.
13. Além do Mar
Scully acredita que as premonições psíquicas de um condenado à morte sejam a única esperança para que os agentes consigam prender um perigoso assassino.
14. Troca de Identidade
Um membro de uma seita religiosa capaz de mudar de sexo se torna o principal suspeito em uma onda de assassinatos.
15. Lázaro
O espírito de um perigoso criminoso se apossa de um agente do FBI, que já foi namorado de Scully.
16. Jovem de Coração
Um criminoso dado como morto em uma prisão há anos planeja uma vingança contra Mulder.
17. EBE ‡
Mulder e Scully se tornam alvos de uma campanha de difamação quando tentam investigar o transporte secreto de uma forma de vida alienígena realizado pelo governo.
18. O Homem que Fazia Milagres
Os agentes investigam uma paróquia liderada por um homem cujo filho possui o poder de curar – ou matar – com um simples toque de sua mão.
19. Formas
Um homem é atacado por uma criatura de uma lenda nativo-americana. Mulder e Scully vão ao lugar do ataque para desvendar a identidade dessa criatura.
20. Quando a Noite Cai
Um grupo de lenhadores desenterra milhares de criaturas mortais semelhantes a insetos que paralisam suas vítimas e depois tecem seus casulos ao redor delas.
21. Tooms
Eugene Tooms, um assassino sobrenatural que Mulder ajudou a colocar na prisão, é liberado em condicional.
22. Renascer
Uma menina de oito anos de idade é a principal suspeita de uma série de assassinatos bizarros e aparentemente isolados.
23. Roland
Quando cientistas de um laboratório de pesquisas aeronáuticas morrem sob circunstâncias misteriosas, os agentes suspeitam que um zelador possa de alguma forma ser o culpado.
24. O Frasco de Erlenmeyer ‡
Garganta Profunda dá informações a Mulder sobre um caso extremamente importante que envolve um fugitivo desaparecido e a clonagem de vírus extraterrestres.
De Janeiro a Janeiro 